整體原則 遵循不同門類檔案的形成規律，不能把互有聯系的文件硬性分開。區分時應注意：
正文與附件。來文與復文緊密聯系是文書檔案的特點之一。但當正文是文書性質的信函，而科技文件以附件形式出現時，由于行文的主旨內容在附件中，應將信函與附件作為一個整體，以主旨內容的性質為依據，整體判為科技文件。
在科技活動的特定項目中形成的文書形式的文件。如項目的審查、批復文件，合同或協議等，其形式不同于科技文件，內容上也沒涉及到科學技術內容，但與整個科技項目有密切的聯系，是科技項目得以開展的依據。因此必須堅持整體原則，將其作為此項目全部文件的有機組成部分，劃為科技文件。
3、職能原則 根據職能活動性質的不同將本部門劃分為技術性部門和非技術性部門，作傾向性判斷。
區分科技文件與文書文件時，三個原則必須按照上述順序依次使用，傾向性原則不得首先使用，必須在運用前二個原則后仍難于區分時才應用。