1984年財政部、國家檔案局聯合印發了《會計檔案管理辦法》，并于1998年對該辦法進行了第一次修訂。原《管理辦法》實施10多年以來，對規范和加強單位會計檔案管理、促進會計工作更好地服務經濟社會發展發揮了積極作用。近年來，隨著我國經濟社會的快速發展以及信息技術的廣泛應用，會計檔案的內容范圍、承載形式、管理手段、利用方式等均發生了較大變化，原《管理辦法》已經無法較好地適應經濟社會發展需要，突出表現在：（一）隨著各單位信息化水平和精細化管理程度的日益提升，越來越多的會計憑證、賬簿、報表等會計資料以電子形式產生、傳輸、保管，形成了大量電子會計檔案，需要予以規范。（二）隨著我國會計法律法規的不斷完善，以及國家檔案管理規范、標準的制定或修訂，原《管理辦法》的有關表述已不再適用，會計檔案的范圍、保管、利用、銷毀等方面的規定需要相應予以調整或完善。 

為做好原《管理辦法》的修訂工作，從2012年開始，財政部、國家檔案局陸續組織部分信息化程度較高的企業和地區開展會計檔案電子化管理試點工作；2013-2014年財政部、國家檔案局、國家稅務總局、國家發展改革委專門針對電子發票的入賬和保管問題多次開展研討，并組織部分企業和地區開展電子發票及電子會計檔案管理綜合試點工作。隨著試點工作的穩步推進，電子發票相關政策的逐步完善，2014年財政部、國家檔案局著手修訂原《管理辦法》，形成了《會計檔案管理辦法（征求意見稿）》，先后于2014年12月、2015年5月向社會兩次公開征求意見，形成了《會計檔案管理辦法（修訂草案）》。2015年9月財政部、國家檔案局組織有關專家集中研究討論《會計檔案管理辦法（修訂草案）》，最終形成新《管理辦法》。