機關檔案的鑒定銷毀工作必須依據國家有關的法律法規執行。《檔案法》第三章第十五條規定“鑒定檔案保存價值的原則、保管期限的標準以及銷毀檔案的程序和辦法，由國家檔案行政管理部門制定”，《機關檔案工作條例》第十七條規定“機關應定期對已超過保管期限的檔案進行鑒定”，“鑒定工作結束后，應提出工作報告，對確無保存價值的檔案進行登記造冊，經機關領導人批準后銷毀”。         

銷毀檔案的程序是：         

1、編制銷毀清冊。鑒定小組（在機關分管負責人的領導下，由檔案部門和有關業務部門的人員共同組成）經過鑒定，對無保存價值的檔案編制銷毀清冊，它是日后查找檔案銷毀情況的憑據。銷毀清冊的封面需設置全宗號、銷毀檔案的數量、鑒定小組負責人的簽字及時間、批準人的簽字及時間、兩個監銷人的簽字及銷毀時間等項目。清冊中檔案銷毀登記表要設置序號、文件題名、所屬年度、檔號、應保管期限、已保管期限、文件頁數、備注等欄目，準確揭示每一份銷毀文件的內容和成分，供領導人審查。         

2、擬訂鑒定報告，提出銷毀意見。報告中對需銷毀檔案的數量及內容作簡要介紹，并提出銷毀意見、陳述銷毀原因。          

3、機關分管負責人審批。          

4、銷毀。領導批準后，一般由二人將需要銷毀的檔案送往指定的造紙廠做原料，數量較少的亦可自行焚毀，不須當作其他用途，更不許出賣。無論采用什么方法，必須指定兩人以上監銷，確已銷毀后，監銷人須在銷毀清冊上注明“已銷毀”字樣、銷毀日期和簽字，以示負責。         

5、未批準銷毀的檔案，要拿出繼續保存。          

情況特殊的專門檔案，銷毀時還要遵照有關規定執行。如會計檔案的銷毀工作，就要按照財政部和國家檔案局于1998年聯合下發的《會計檔案管理辦法》執行，具體程序是： 

（1）由本單位檔案機構會同會計機構提出銷毀意見，編制銷毀清。          

（2）單位負責人在會計檔案銷毀清冊上簽署意見。          

（3）銷毀時，應由檔案機構和會計機構共同派員監銷。國家機關銷毀會計檔案時，應由同級財政部門、審計部門派員監銷。財政部門銷毀會計檔案時，應由同級審計部門派員參加監銷。          

（4）監銷人在銷毀會計檔案前，應當按照時會計檔案銷毀清冊所列內容清點核對所要銷毀的會計檔案；銷毀后，應當在會計檔案銷毀清冊上簽名蓋章，并將監銷情況報告本單位負責人。